Rapport annuel sur les virus respiratoires 2025/2026
La saison des virus respiratoires 2025/2026 a été dominée par la grippe. La vague de grippe a débuté exceptionnellement tôt, dès le mois de novembre, pour atteindre son pic durant la période du Nouvel An. Presque tous les cas de grippe ont été causés par des virus Influenza de type A. En outre, de nouveaux A(H3N2) sont apparus partout dans le monde. En raison de plusieurs mutations dans l’hémagglutinine, ils sont attribués à un nouveau sous-clade appelé K. Des virus de ce sous-clade ont circulé en Suisse aussi. Les systèmes de déclaration n’ont enregistré une augmentation des cas de grippe par rapport à 2024/2025 que chez les plus de 64 ans. Les cas de COVID-19 déclarés dans le système de déclaration obligatoire en 2025/2026 sont deux fois moins nombreux que les cas d’Influenza. Comme en 2024/2025, l’activité du COVID-19 a augmenté durant l’été et l’automne, puis a fortement ralenti après le changement d’année. Au début de la vague de COVID-19, le principal variant en circulation était le XFG, vers la fin, le variant BA.3.2 a pris une importance croissante. Rien ne permet de penser que les infections dues à ces deux variants ont été plus graves. La vague de virus syncytial (VRS) a atteint son pic vers la fin de l’hiver seulement. Les taux de consultations ambulatoires pour des infections respiratoires ont fortement augmenté par rapport aux années précédentes chez les enfants en bas âge, mais avec un faible taux de positivité pour les pathogènes surveillés. Ces chiffres suggèrent une circulation accrue d’autres pathogènes non recherchés dans les systèmes de surveillance.
Situation épidémiologique des virus respiratoires en Suisse
Surveillance des virus respiratoires
L’OFSP reçoit des informations sur la situation épidémiologique des virus respiratoires en provenance de trois systèmes : le système de déclaration obligatoire, le système « Sentinella » et le monitorage des eaux usées.
Les diagnostics de grippe saisonnière et de COVID-19 sont souvent posés sur la base des symptômes, seule une partie des cas est soumise à des tests en laboratoire en vue de déterminer la présence de divers virus respiratoires, comme le virus Influenza, le SARS-CoV-2 ou le VRS. Lorsqu’un test confirme une infection par le virus Influenza ou par le SARS-CoV-2, le cas doit être signalé via le système de déclaration obligatoire.
En parallèle, l’OFSP a mis en place le système de déclaration Sentinella en collaboration avec un groupe de médecins de premier recours du domaine ambulatoire (médecine interne générale et pédiatrie). Ainsi, les médecins de quelque 170 cabinets transmettent volontairement chaque semaine à l’OFSP des informations sur les patients qui présentent une affection grippale (Influenza-like-illness, ILI) ou une infection respiratoire aiguë (IRA). Une IRA est définie comme une «maladie qui débute de manière aiguë avec toux, maux de gorge, essoufflement ou rhume ET que le médecin juge comme une infection». On parle d’ILI en cas d’«apparition soudaine de forte fièvre (> 38 °C), de toux ou de maux de gorge». Les ILI constituent ainsi un type d’IRA. Les médecins déclarent également les consultations pour des maladies secondaires telles que pneumonies (inflammations des poumons), bronchites (inflammations des bronches) ou otites (inflammations des oreilles). Sur la base des consultations déclarées et des données globales de consultation de Santésuisse, l’OFSP extrapole le nombre de consultations pour des ILI/IRA à l’échelle nationale. Ce calcul permet d’estimer l’évolution saisonnière des infections respiratoires aiguës, notamment de la grippe saisonnière, de maladies à VRS ou encore du COVID-19, au sein de la population. Mais comme les données Sentinella se basent sur des échantillons de petite taille, il convient d’interpréter ces extrapolations avec prudence.
Une partie des médecins Sentinella envoient des prélèvements nasopharyngés au Centre national de référence de l’Influenza (CNRI) des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG). Celui-ci analyse tous les échantillons au moyen d’un test PCR multiplex afin de dépister le SARS-CoV-2, les virus Influenza A et B ainsi que le VRS. Un second test PCR est réalisé pour déterminer le sous-type de virus Influenza. Le CNRI procède en outre à une caractérisation antigénique (test d’inhibition de l’hémagglutination, HAI) sur certains échantillons positifs à la grippe. Cette analyse permet de mieux connaître les souches en circulation et de vérifier leur similarité avec les souches présentes dans les vaccins saisonniers. Un sous-échantillon des prélèvements Sentinella positifs est par ailleurs soumis à un séquençage génomique complet (whole genome sequencing). Ce séquençage sert principalement à détecter d’éventuelles mutations résistantes aux antiviraux (p. ex. inhibiteurs de la neuraminidase) et à assurer la surveillance des variants génétiques et des lignées de virus.
Depuis juillet 2023, la circulation du SARS-CoV-2, des virus Influenza et du VRS est également suivie au moyen du monitorage des eaux usées. Dix stations d’épuration (STEP) transmettent régulièrement des échantillons d’eaux usées à l’Institut fédéral suisse des sciences et technologies de l’eau (Eawag), qui est le centre national de référence pour la surveillance des eaux usées (NRAM). Le NRAM mesure la charge virale des virus respiratoires au moyen de PCR numériques. La charge virale reflète la circulation des virus au sein de la population. Elle ne permet toutefois pas d’estimer le nombre de personnes malades. Contrairement aux autres systèmes de surveillance, le monitorage des eaux usées recense les infections indépendamment de leur gravité et du recours à des prestations médicales. En outre, des échantillons d’eaux usées provenant de six STEP sont régulièrement séquencés, ce qui permet notamment d’estimer les quantités relatives de variants du SARS-CoV-2 en circulation (distribution des variants).
Surveillance ambulatoire des IRA/ILI (Sentinella)
Consultations hebdomadaires et annuelles pour des infections respiratoires aiguës
Nombre de consultations ambulatoires au niveau de 2022/2023
Sur l’ensemble de l’année respiratoire 2025/2026 (soit de la semaine 21/2025 à la semaine 20/2026), 11 305 cas d’IRA et 5 072 cas d’ILI ont été déclarés dans le cadre de consultations ambulatoires (voir tableau 1). Ces chiffres correspondent à une incidence annuelle de 5848 cas d’IRA (5.8 % de la population) et de 2624 cas d’ILI (2.6 % de la population) pour 100 000 habitants. Extrapolés à l’ensemble de la population suisse, ils représentent quelque 529 000 consultations ambulatoires pour une infection respiratoire aiguë et 237 000 pour une affection grippale au cours de l’année sous revue. Le nombre de consultations ambulatoires est ainsi analogue à celui de 2022/2023 et légèrement inférieur à celui de 2024/2025.
La grande majorité des cas, soit 87.6 % des ILI et 83.9 % des IRA, ont été enregistrés durant la saison grippale classique (de la semaine 40/2025 à la semaine 20/2026). Le seuil épidémique des consultations pour des ILI, qui est calculé selon la méthode moving epidemic [1] et utilisé pour déterminer de manière approximative le début de l’épidémie de grippe, a été franchi pour la première fois en semaine 49. Le pic des consultations pour des IRA et des ILI a été atteint début janvier (semaine 2), avec 363 cas d’IRA et 203 cas d’ILI pour 100 000 habitants (voir figure 1).
Répartition par classes d’âge
Forte augmentation des infections respiratoires aiguës chez les enfants en bas âge
Comme les années précédentes, les enfants âgés de 0 à 4 ans ont présenté le taux le plus élevé de consultations ambulatoires pour des infections respiratoires aiguës et des affections grippales, tandis que les personnes âgées (plus de 64 ans) ont enregistré les taux les plus faibles (voir tableau 1). Par rapport à l’année précédente, le taux de consultation pour des IRA a augmenté chez les 0 à 4 ans (+13 %) et atteint 16 460 consultations pour 100 000 habitants, un nouveau maximum depuis que les IRA ont été intégrées dans le système Sentinella à l’automne 2022. Dans toutes les autres classes d’âge, les taux de consultation ont reculé par rapport à la saison précédente. L’incidence hebdomadaire maximale des consultations ambulatoires pour des IRA/ILI parmi l’ensemble des classes d’âge a été observée entre mi-décembre et fin janvier (semaines 51/2025 à 5/2026). Comme les années précédentes, la part des ILI dans les consultations pour des IRA a été la plus élevée chez les enfants de moins de 15 ans, décroissant inversement à l’âge.
Groupes à risque et complications
Facteurs de risque préexistants dans un tiers des cas d’IRA/ILI chez les plus de 64 ans
Environ 9.1 % des cas d’IRA/ILI déclarés concernaient des personnes présentant un ou plusieurs facteurs de risque de complications, tels que maladies pulmonaires ou métaboliques chroniques, insuffisance cardiaque ou rénale, immunodéficience ou encore grossesse. Chez les plus de 64, cette proportion s’élevait à 32.3 %. Des pneumonies ont en outre été diagnostiquées chez 3.3 % des patients ayant consulté pour des IRA/ILI et chez 10.7 % de ceux âgés de plus de 64 ans. Une hospitalisation immédiate n’a été nécessaire que pour 0.8 % de ces patients et pour 1.9 % des personnes de plus de 64 ans. Chez les plus de 64 ans, la préexistence de facteurs de risque était associée à un risque accru de pneumonie (risque relatif = 2.2; intervalle de confiance [IC] à 95 % = 1.6–3.0) et à un risque accru d’hospitalisation (risque relatif = 6.3; IC à 95 % = 3.0–15.0).
Surveillance virologique
Proportion élevée de pathogènes inconnus chez les enfants en bas âge
Sur 11 301 cas d’IRA/ILI, un total de 1926 prélèvements nasopharyngés (17 %) ont été réalisés entre les semaines 21/2025 et 20/2026 et analysés par le CNRI pour dépister les virus Influenza, le VRS et le SARS-CoV-2. Les prélèvements provenaient le plus souvent de personnes âgées plus de 64 ans (20.4 % des cas) et le moins souvent d’enfants en bas âge (7.7 %) ou en âge scolaire (9.2 %). Les tests ont été positifs à au moins un des trois pathogènes recherchés pour 737 prélèvements au total (38.3 % ; IC à 95 % = 36.1–40.5 %), mais cela n’a concerné que 22 % des prélèvements effectués sur des enfants de 0 à 4 ans (IC à 95 % = 15.7–30 %). Associé à l’augmentation du taux de consultation dans la classe d’âge concernée, ce résultat suggère que d’autres pathogènes non recherchés dans le cadre de la surveillance ont également circulé durant l’hiver 2025/2026. La proportion importante de pathogènes indéterminés peut également s’expliquer par la technique de prélèvement ou la faiblesse de la charge virale chez les enfants en bas âge. Les co-infections sont restées rares : parmi tous les prélèvements testés, seul 1.8 % présentait au moins deux agents pathogènes. La combinaison la plus fréquente associait Influenza A et SARS-CoV-2, suivie par Influenza A et VRS ainsi que VRS et SARS-CoV-2.
Influenza
Influenza parmi les cas ambulatoires d’IRA/ILI (Sentinella)
Début de la vague de grippe inhabituellement précoce
Dans le système Sentinella, le taux de positivité du virus Influenza a franchi le seuil de 10 % [2] à la mi-novembre, en semaine 45 (voir figure 2, ligne noire). Par comparaison avec les saisons précédentes, les années antérieures à la pandémie et les années de la pandémie (voir figure 2, zones bleue et rose), l’activité grippale a augmenté et atteint son pic bien plus tôt. Le taux de positivité maximal a ainsi été déclaré en semaine 1/2026, à 65.6 %. Sur l’ensemble de la saison grippale (semaines 40/2025 à 20/2026), 28.3 % des cas d’IRA/ILI ont été testés positifs au virus Influenza. Ce chiffre est retombé à 1.5 % durant l’intersaison (semaines 21 à 39). Sur l’année respiratoire complète (semaines 21/2025 à 20/2026), le taux de positivité cumulé a atteint 22.5 %. C’est chez les enfants en âge scolaire (5 à 14 ans) que le virus Influenza a été détecté le plus fréquemment durant la saison grippale (voir tableau 2). S’élevant à 50.5 % (IC à 95 % = 40.6–60.5 %), le taux de positivité cumulé dans la saison grippale 2025/2026 a dépassé celui de la saison précédente (36.7 %, IC à 95 % = 28.9–45.3 %). Cependant, en raison de la faible taille des échantillons utilisés pour le test sur deux échantillons, cette différence n’était pas significative statistiquement. Chez les plus de 64 ans, le taux de positivité cumulé pour Influenza s’est établi à 25.6 % (IC à 95 % = 21.1–30.8 %). Ce niveau est supérieur dans des proportions statistiquement significatives à celui de la saison précédente (16.9 %; IC à 95 % = 13.6–20.7 % avec p < 0.05).
En se basant sur le taux de positivité cumulé d’Influenza et sur le taux de consultation pour des IRA, on peut calculer le taux de consultation pour des IRA liées à Influenza (indice de Goldstein). On estime ainsi que le nombre de consultations pour des IRA liées à la grippe entre les semaines 21/2025 et 20/2026 a atteint 1212 à 1 430 pour 100 000 habitants (soit un total de 110 000 à 129 000 consultations). Cette estimation est légèrement inférieure aux valeurs de l’année précédente (121 000 à 140 000). Par rapport à la saison précédente, le taux de consultation pour des IRA liées à la grippe n’a augmenté que chez les plus de 64 ans, alors qu’il est resté stable chez les 5 à 14 ans et qu’il a reculé dans toutes les autres classes d’âge. Ces estimations présentent des limites : les deux taux sur lesquels elles reposent présentent une incertitude du fait de la petite taille de l’échantillon, et une distorsion des taux de positivité n’est pas exclue en raison du caractère non aléatoire des prélèvements effectués sur les cas d’IRA/ILI. De plus, la sensibilité des IRA à Influenza oscille entre 59 % et 94 % selon les études [3] [4], ce qui signifie qu’un certain pourcentage de cas de grippe échappe au critère d’inclusion des IRA. Il est donc probable que le nombre effectif de consultations ambulatoires pour des cas d’Influenza en Suisse s’inscrit dans une plage plus étendue.
Cas de grippe dans le système de déclaration obligatoire
Augmentation du taux de déclaration chez les plus de 64 ans
De la semaine 21/2025 à la semaine 20/2026, 274 cas de grippe pour 100 000 habitants ont été enregistrés en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein dans le système de déclaration obligatoire (soit un total de 24 913 cas, voir tableau 3). Ce nombre est inférieur au chiffre record de l’année précédente (28 284 cas déclarés). Environ 98.8 % des cas de grippe ont été déclarés durant la saison grippale, soit de la semaine 40/2025 à la semaine 20/2026. Le nombre de cas hebdomadaire dans le système de déclaration obligatoire a grimpé en flèche tôt dans la saison, tout comme les taux de positivité hebdomadaires dans Sentinella. La progression du nombre de cas a atteint son accélération maximale dès la semaine 47, soit 1 à 2 semaines plus tôt que lors des trois années précédentes. La vague grippale est arrivée à son apogée au début de la nouvelle année (semaine 1), avec 3 336 cas déclarés, soit 36.7 pour 100 000 habitants (voir figure 3). Ce pic est apparu très en avance par rapport à la moyenne des dix dernières années (médiane : semaine 5, avec une plage couvrant les semaines 51 à 12). La vague grippale s’est manifestée avec une précocité comparable à celle de l’hiver 2022/2023. Comme les années précédentes, la majorité des déclarations obligatoires provenaient des hôpitaux.
Par classe d’âge, le taux de déclaration d’Influenza le plus élevé pour toute l’année (semaines 21/2025 à 20/2026) a été observé chez les plus de 64 ans (723.4 cas pour 100 000 habitants), suivis des 0 à 4 ans (590.0 cas pour 100 000 habitants, tableau 3). Par rapport à la saison précédente, seuls les plus de 64 ans et plus ont enregistré une hausse du taux de déclaration, qui a progressé de 21.9 % dans leur cas alors qu’il a reculé dans toutes les autres classes d’âge. Au niveau des cantons, les taux de déclaration ont oscillé entre 47.8 pour 100 000 habitants (Appenzell Rhodes-Intérieures) et 530 pour 100 000 habitants (Bâle-Ville).
Types et sous-types de virus Influenza
Large domination d’Influenza A dans les pathogènes en circulation
En 2025/2026, la majorité des cas de grippe enregistrés dans le système de déclaration obligatoire étaient essentiellement dus à des virus Influenza de type A (Influenza A: 97.9 %, Influenza B: 1.3 %, virus indéterminés: 0.8 %). Ainsi, la prévalence d’Influenza A a été au plus haut depuis dix ans. Les cas déclarés dans le cadre de Sentinella étaient eux aussi essentiellement imputables à des virus Influenza de type A (99.3 % de tous les prélèvements positifs pour Influenza). Le sous-typage de ces prélèvements a montré que les virus en circulation appartenaient pour un peu plus de la moitié au type A(H3N2) (54.6 %) et pour un peu moins de la moitié au type A(H1N1)pdm09 (44.7 %, voir figure 4). Le virus Influenza B/Victoria a été mis en évidence dans trois prélèvements seulement (0.7 %). Aucun virus de la lignée B/Yamagata n’a été détecté en Suisse depuis la pandémie de COVID-19.
Nouveau sous-clade K pour le virus Influenza de type A(H3N2)
En 2025, on a mis en évidence pour la première fois des virus Influenza A du sous-type H3N2 portant plusieurs mutations de l’hémagglutinine qui les rattachaient sur le plan phylogénétique au nouveau sous-clade K (anciennement J.2.4.1). Les virus du sous-clade K se sont répandus dans le monde entier en très peu de temps. Ce sont eux qui sont à l’origine de la majorité des infections ayant touché un grand nombre d’enfants et de jeunes adultes en Grande-Bretagne, autre pays où la vague de grippe a commencé exceptionnellement tôt. Les caractérisations antigéniques initiales utilisant des antisérums de furet ont montré que les souches vaccinales avaient une réactivité réduite contre les virus en circulation, ce qui a suscité des préoccupations quant à une possible baisse d’efficacité de la vaccination [5]. Une étude clinique réalisée ultérieurement en Europe sur la base d’une comparaison avec des patients dont les tests étaient négatifs (test-negative design) a montré que, chez les adultes âgés, l’efficacité de la vaccination contre le H3N2 oscillait entre 10 % et 33 % en milieu ambulatoire et entre 26 % et 30 % en milieu hospitalier [6]. Ces estimations correspondent en gros aux chiffres antérieurs relatifs à l’efficacité de la vaccination contre le H3N2. Une étude sérologique a en outre montré que les anticorps des personnes vaccinées conservaient leur capacité de reconnaître les virus du nouveau sous-clade K [7]. Malgré des différences antigéniques, les données dont nous disposons plaident donc pour un maintien, ne serait-ce que partiel, de l’efficacité du vaccin de 2025/2026 contre les virus A(H3N2) du sous-clade K [8].
Le nouveau sous-clade K est également apparu en Suisse, où il est à l’origine de la majorité des cas de grippe dus au virus Influenza A(H3N2), comme le démontre le séquençage par le CNRI de prélèvements positifs pour Influenza recensés dans le système Sentinella. Les systèmes de déclaration ont enregistré en 2025/2026 davantage de cas de grippe que la saison précédente chez les plus de 64 ans. Cependant, l’importance relative du H3N2 dans cette classe d’âge n’est pas significativement plus élevée que dans les autres classes d’âge. Selon les modélisations de l’Office fédéral de la statistique (OFS), la vague de grippe s’est accompagnée d’une surmortalité parmi les plus de 64 ans et plus durant les semaines 1 à 4 [9]. Toutefois, les données des systèmes de déclaration actuels ne permettent pas de déterminer l’influence que le sous-clade K a eue sur les hospitalisations et les décès. Pour de plus amples informations concernant le sous-clade K en Suisse, voir le rapport virologique annuel du CNRI [10].
Caractérisation des virus Influenza
Caractérisation des virus Influenza
Parmi les 592 prélèvements positifs pour Influenza enregistrés dans le système Sentinella, 83 (14 %) ont également été analysés à l’aide d’un test d’inhibition de l’hémagglutination afin d’évaluer leur proximité avec les souches utilisées dans les vaccins antigrippaux. Environ 34 prélèvements appartenaient au sous-type H1N1pdm09. Ceux-ci ont presque tous montré une réactivité avec le sérum de référence dirigé contre la souche vaccinale A/Missouri/11/2025-like. Quelque 32 prélèvements appartenaient au sous-type H3N2, dont 16 (50 %) ont réagi avec le sérum de référence ciblant la souche vaccinale A/Singapore/GP20238/2025-like. Concernant la lignée B/Victoria, les 3 prélèvements reçus ont été détectés par le sérum de référence contre la souche vaccinale B/Stockholm/2022. Dans l’ensemble, les virus en circulation du sous-type H1N1pdm09 présentaient une forte similitude avec les souches recommandées pour la vaccination dans l’hémisphère nord pour la saison 2025/2026, alors que la couverture n’a été que partielle pour les virus du sous-type H3N2.
Un échantillon aléatoire de 161 tests PCR positifs a par ailleurs fait l’objet d’un séquençage génomique complet. Les virus du sous-type A(H1N1)pdm09 appartenaient majoritairement au clade 5a.2a.1, sous-clade D.3.1 (97 %), et les 3 % restants au sous-clade C.1.9.3. Tous les virus A(H3N2) relevaient du clade 2a.2a.3a.1, 98 % appartenant au sous-clade K et 2 % au sous-clade J.2.3. Un seul prélèvement positif à la lignée B/Victoria a été séquencé : il relevait du sous-clade V1A.3a.2 (C.5.7). Deux prélèvements A(H1N1)pdm09 présentaient des mutations dans le segment de la neuraminidase qui sont associées à une résistance à l’oseltamivir (substitutions I223V et S247N). Enfin, un autre prélèvement positif au sous-type A(H1N1)pdm09 présentait une mutation dans la protéine polymérase acide (E199G) associée à des résistances au baloxavir. De plus amples informations sont disponibles dans le rapport annuel du CNRI [10].
Charge virale d’Influenza dans les eaux usées
Monitorage des eaux usées : présence presque exclusive des virus Influenza de type A
Le monitorage des eaux usées a lui aussi mis en évidence une hausse précoce de l’activité des virus Influenza de type A dans l’ensemble de la Suisse (voir figure 5), en particulier dans le bassin versant des STEP de Lugano (TI) et d’Aïre (GE). Au niveau national, la charge virale maximale a été détectée à la fin de l’année, en semaine 52. Selon les calculs, la hausse la plus forte de la charge virale est intervenue en novembre, au moment où débutait la vague de grippe selon les systèmes de déclaration (+/- 2 semaines). La charge virale cumulée des virus Influenza de type A pour l'année respiratoire 2025/2026 s’est établie à un niveau un peu plus bas qu’en 2024/2025, mais comparable à 2023/2024. Comme les systèmes de déclaration, le monitorage des eaux usées n’a guère mis en évidence de virus Influenza de type B.
SARS-CoV-2 (COVID-19)
SARS-CoV-2 dans les cas ambulatoires d’IRA/ILI (Sentinella)
Taux de positivité du SARS-CoV-2 en baisse par rapport aux années précédentes
En 2025/2026, les taux de positivité hebdomadaires du SARS-CoV-2 parmi les cas ambulatoires d’IRA/ILI ont suivi le même schéma saisonnier que les trois années précédentes, avec une augmentation en été, un plateau à l’automne et un recul vers la fin de l’année (voir figure 6). L’activité maximale, qui s’est établie à 40 %, a été mesurée en semaine 34 (août). Le taux de positivité cumulé, à 10.9 %, a été plus bas que l’année précédente (12.5 %) et moitié moins élevé qu’en 2022/2023 (21 %). La détection du SARS-CoV-2 dans les prélèvements pratiqués sur les cas ambulatoires d’IRA affiche un nouveau recul important par rapport à 2023/2024 (10.6 % contre 31.1 %), en particulier chez les plus de 64 ans (avec p < 0.05 dans le test sur deux échantillons). La proportion de cas positifs était la plus élevée chez les 30 à 64 ans (13.1 %) et la plus basse chez les enfants en âge scolaire (4 %, voir tableau 4).
Cas de SARS-CoV-2 dans le système de déclaration obligatoire
Nouvelle baisse du taux de déclaration du SARS-CoV-2 par rapport à l’année précédente
Dans le système de déclaration obligatoire, les cas de SARS-CoV-2 ont atteint un premier pic à la mi-octobre 2025, en semaine 41 (voir figure 7). Après un bref recul des déclarations, le maximum a été atteint en décembre, en semaine 51, avec 7.0 cas pour 100 000 habitants. Comme en 2024/2025, le taux de déclaration a rapidement décliné après le passage à la nouvelle année. Le cumul des déclarations de SARS-CoV-2 de la semaine 21/2025 à la semaine 20/2026 s’élève à 144.4 cas pour 100 000 habitants, soit un recul de 45 % par rapport à la saison précédente. En volume, il y a eu moitié moins de déclarations de SARS-CoV-2 que de déclarations d’Influenza. Comme les années précédentes, la majorité des cas concernaient les plus de 64 ans (474.1 pour 100 000 habitants, voir tableau 5). Dans les autres classes d’âge, les taux de déclaration ont reculé par rapport à l’année précédente. Au niveau des cantons, les taux de déclaration cumulés sur toute l’année ont oscillé entre 12.0 pour 100 000 habitants (Appenzell Rhodes-Intérieures) et 271.0 pour 100 000 habitants (Tessin).
Charge virale et variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées
Monitorage des eaux usées : charge virale du SARS-CoV-2 à son maximum à l’automne
La charge virale moyenne du SARS-CoV-2 dans les eaux usées en Suisse a commencé à augmenter dès l’été 2025 pour atteindre un premier pic en semaine 40. Après un bref recul, le monitorage des eaux usées a enregistré un deuxième pic en décembre, en semaine 50 (voir figure 8), en accord avec les chiffres du système de déclaration obligatoire. Cependant, la charge virale moyenne a rapidement régressé à l’entrée dans la nouvelle année. En 2025/2026, la charge virale cumulée du SARS‑CoV‑2 est restée largement sous le niveau des deux années précédentes. Lorsque la vague de SARS-CoV-2 a connu son pic, c’est le variant XFG qui était dominant, comme l’a montré le séquençage de prélèvements dans les eaux usées. Vers la fin de 2025, le variant BA.3.2 s’est propagé jusqu’à constituer, avec le variant XFG, la majeure partie des variants en circulation au début de 2026. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé ces deux souches comme « variant under monitoring » (VUM, variants sous surveillance). Selon l’OMS, aucune donnée ne suggère que ces variants provoquent des formes plus graves de la maladie que les précédents [11].
VRS
VRS dans les cas ambulatoires d’IRA/ILI (Sentinella)
Cas de VRS en hausse par rapport à la saison précédente
À partir de la fin novembre (semaine 48), le VRS a été détecté au moins une fois par semaine dans une consultation pour des IRA/ILI recensée dans le système Sentinella. Le dernier cas a été déclaré en avril (semaine 16). En comparaison pluriannuelle, l’activité du VRS au cours de l’année respiratoire 2025/2026 a augmenté nettement plus tard, avec un pic retardé et plus marqué (voir figure 9). Le taux de positivité hebdomadaire maximal a été observé début mars (semaine 9), à 25 % (IC à 95 % = 13.3–42.1 %). En chiffres cumulés, le VRS a été identifié dans 5.6 % des cas d’IRA/ILI sur l’ensemble de l’année (semaines 2025/21 à 2026/20) et dans 6.8 % des cas d’IRA/ILI pendant la saison grippale (semaines 2025/40 à 2026/20). Toutes classes d’âge confondues, le taux de positivité cumulé est plus élevé que l’année précédente, dans des proportions statistiquement significatives : il a été de 3.6 % sur toute l’année et de 4.5 % pendant la saison grippale (dans les deux cas, p < 0.05 dans le test sur deux échantillons). L’augmentation par rapport à l’année précédente a été observée dans toutes les classes d’âge, hormis chez les 0 à 4 ans, mais elle n’est statistiquement significative que chez les 5 à 14 ans et les 30 à 64 ans. Comme les années précédentes, les 0 à 4 ans ont présenté les taux de positivité les plus élevés (10.2 % sur l’année et 15.9 % durant la saison grippale, voir tableau 6).
Charge virale du VRS dans les eaux usées
Monitorage des eaux usées : pic d’activité du VRS plus tardif
Comme les saisons précédentes, la charge virale du VRS dans les eaux usées a commencé à augmenter dès octobre, avec un pic d’accélération début décembre, en semaine 49 (voir figure 10). La charge virale a atteint son apogée en semaine 5 (fin janvier/début février), plus tard que lors des deux saisons précédentes. En 2025/2026, la charge virale cumulée du VRS dans les eaux usées s’est établie au même niveau qu’en 2024/2025, dépassant le chiffre de 2023/2024.
Situation épidémiologique des virus respiratoires en Europe
Forte circulation d’Influenza A(H3N2) en Europe
Globalement, la circulation des virus respiratoires en Suisse reflète les tendances observées en Europe (voir aussi [12]). La saison grippale a débuté tôt en Europe aussi. Le taux de positivité moyen d’Influenza mesuré dans les systèmes sentinelles ambulatoires des pays européens (« primary care sentinel ») a franchi le seuil des 10 % à la même époque qu’en Suisse, durant les semaines 45 et 46 [13]. En revanche, le virus Influenza de type A(H3N2) a eu une activité plus marquée en Europe qu’en Suisse : en Europe, plus des deux tiers des cas d’Influenza A ont été causés par cette souche (voir tableau 7), dont 70 % par des virus du sous-clade K. Le taux de positivité cumulé du VRS a été aussi bas dans les systèmes sentinelles européens qu’en Suisse. Comme l’an dernier, le SARS-CoV-2 a été identifié plus de deux fois plus souvent en Suisse dans les cas d’IRA/ILI que dans le reste de l’Europe, sans qu’on puisse l’expliquer clairement. De manière générale, les cas de SARS-CoV-2 détectés dans les systèmes sentinelles ambulatoires diminuent continuellement depuis 2022/2023, en Europe comme en Suisse.
Vaccination
Composition des vaccins contre la grippe pour la saison à venir
En raison de la disparition des souches virales Influenza de la lignée B/Yamagata depuis la pandémie de COVID-19, l’OMS recommande aux fabricants de vaccins d’abandonner au plus vite les vaccins quadrivalents pour revenir aux vaccins trivalents [14]. C’est désormais chose faite, si bien que seuls des vaccins trivalents seront proposés à l’automne 2026, sans la souche B/Yamagata. Le tableau 8 présente les recommandations formulées par l’OMS concernant la composition des vaccins contre la grippe pour 2025/2026 et 2026/2027 dans l’hémisphère nord.
Recommandations de l’OFSP concernant la vaccination contre les agents pathogènes respiratoires pour la saison 2026/2027
Le tableau 9 présente un aperçu des recommandations pour la vaccination et l’administration d’anticorps monoclonaux (monoclonal antibodies, mAb) contre les virus respiratoires pour la saison 2026/2027. Les vaccins contre la grippe, le COVID-19 et le VRS peuvent être administrés simultanément ou successivement, à n’importe quel intervalle. Les anticorps monoclonaux peuvent également être administrés en même temps que les vaccins de routine usuels pour les enfants.
*) Les femmes enceintes ou les futurs parents doivent choisir l’une des deux options de prévention du VRS (immunisation passive) pour les nouveau-nés : soit la vaccination maternelle, soit l’administration d’anticorps après la naissance.
**) Les recommandations de vaccination détaillées seront publiées en septembre 2026. La vaccination contre le VRS n’est actuellement pas prise en charge pour les adultes âgés et les jeunes adultes non enceintes. La question de la prise en charge par l’assurance de base est en cours d’examen.
Approvisionnement de la Suisse en vaccins
Influenza
Selon les indications des fabricants, environ 1.25 million de doses de vaccin contre la grippe saisonnière ont été distribuées en Suisse au cours de l’automne et au début de l’hiver 2025. À titre de comparaison, le chiffre à fin 2024 était de 1.14 million. Aucune pénurie ni aucun retard de livraison n’ont été rapportés au cours de la saison sous revue. Selon les informations fournies par les fabricants de vaccins antigrippaux, quelque 1.3 million de doses de vaccin seront disponibles en Suisse pour la saison 2026/2027.
Covid-19
Pour l’automne 2026, deux vaccins à ARNm sont autorisés et seront disponibles en Suisse:
Comirnaty® de Pfizer et Spikevax® de Moderna. À l’automne, les vaccins contre le SARS-CoV-2 seront au besoin adaptés aux variants alors en circulation.
VRS
Les fabricants n’anticipent aucune pénurie d’approvisionnement pour l’automne 2026 et la saison 2026/2027 du VRS, tant pour les trois vaccins autorisés que pour les deux anticorps monoclonaux à action prolongée autorisés.
Vaccins disponibles en Suisse pour la saison à venir
Le tableau 10 offre un aperçu des vaccins et anticorps monoclonaux contre la grippe, le COVID-19 et le VRS autorisés en Suisse pour l’automne 2026. Des informations sur la prise en charge par l’assurance obligatoire des soins (assurance de base) sont disponibles sur le site Internet de l’OFSP [19].
Informations complémentaires
Remerciements
L’OFSP remercie le corps médical, en particulier les médecins Sentinella, l’ensemble des laboratoires, notamment le CNRI à Genève, la Commission fédérale pour les vaccinations, le NRAM de l’Eawag ainsi que toutes les autres équipes de recherche et institutions impliquées pour leur précieux engagement dans la surveillance des virus respiratoires.
Références
- Vega T, Lozano JE, Meerhoff T, Snacken R, Mott J, Ortiz de Lejarazu R, et al. Influenza surveillance in Europe: establishing epidemic thresholds by the Moving Epidemic Method. Influenza Other Respir Viruses. 2013;7(4):546-558. doi: 10.1111/j.1750-2659.2012.00422.x.
- European Centre for Disease Prevention and Control. Seasonal influenza, 2023-2024. In: ECDC. Annual Epidemiological Report for 2023 [Internet]. Stockholm: ECDC; 2024 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Seasonal influenza - Annual Epidemiological Report for 2023/2024.
- Domínguez À, Soldevila N, Torner N, Martínez A, Godoy P, Rius C, et al. Usefulness of clinical definitions of influenza for public health surveillance purposes. Viruses. 2020;12(1):95. doi:10.3390/v12010095.
- World Health Organization. End-to-end integration of SARS-CoV-2 and influenza sentinel surveillance: revised interim guidance [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2022. WHO/2019-nCoV/Integrated_sentinel_surveillance/2022.1 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: End-to-end integration of SARS-CoV-2 and influenza sentinel surveillance: revised interim guidance
- World Health Organization. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2026 southern hemisphere influenza season [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2025 Sep 26 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2026 southern hemisphere influenza season
- Lucaccioni H, Marques DFP, Kirsebom F, Emborg HD, Hamilton M, Whitaker H, et al. Influenza vaccine effectiveness from nine studies during drifted A(H3N2) subclade K predominance, Europe, September 2025 to January 2026. Euro Surveill. 2026;31(7):2600109. doi:10.2807/1560-7917.ES.2026.31.7.2600109.
- Liu J, Li SH, Ye N, Griffiths T, Drapeau EM, Atkinson RK, et al. Antibodies elicited by the 2025-2026 influenza vaccine. NEJM Evid. 2026;5(4). doi:10.1056/EVIDpha2600007.
- European Centre for Disease Prevention and Control. Assessing the risk of influenza for the EU/EEA in the context of increasing circulation of A(H3N2) subclade K: rapid risk assessment [Internet]. Stockholm: ECDC; 2025 Nov 20 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Threat Assessment Brief – Assessing the risk of influenza for the EU/EEA in the context of increasing circulation of A(H3N2) subclade K
- Office fédéral de la statistique. Décès par semaine en Suisse, de 2010 à 2026 [Internet]. Neuchâtel: Office fédéral de la statistique; 2026 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Décès par semaine en Suisse, de 2010 à 2026 - 4.1.2010-6.9.2026 | Graphique
- Hôpitaux universitaires de Genève, Centre national de référence de l’Influenza. Surveillance des virus de l’influenza, SARS-CoV-2 et RSV en Suisse [Internet]. Genève: HUG; 2026 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Saisons précédentes CNRI - Laboratoire de virologie à Genève aux HUG - HUG
- World Health Organization. WHO COVID-19 dashboard: COVID-19 variants [Internet]. Geneva: World Health Organization; [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: COVID-19 variants | WHO COVID-19 dashboard
- European Centre for Disease Prevention and Control; World Health Organization Regional Office for Europe. European Respiratory Virus Surveillance Summary (ERVISS) [Internet]. Stockholm/Copenhagen: ECDC/WHO Regional Office for Europe; [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: erviss.org
- World Health Organization. Seasonal influenza - global situation [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2025 Dec 10 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Seasonal influenza - Global situation
- World Health Organization. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2025-2026 northern hemisphere influenza season [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2025 Feb 28 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2025-2026 northern hemisphere influenza season
- World Health Organization. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2026-2027 northern hemisphere influenza season [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2026 Feb 27 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2026-2027 northern hemisphere influenza season
- Office fédéral de la santé publique. Grippe saisonnière (influenza): Prévention: recommandations de vaccination [Internet]. Berne: Office fédéral de la santé publique; 2026 [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Grippe saisonnière (influenza)
- Office fédéral de la santé publique; Commission fédérale pour les vaccinations. Recommandations concernant la vaccination contre la Covid-19 : État septembre 2026. Berne: Office fédéral de la santé publique; 2026. [consulté le 30 septembre 2026]. Disponible sur: COVID-19
- Office fédéral de la santé publique. Respiratorisches-Synzytial-Virus (RSV): Vorbeugung [Internet]. Berne: Office fédéral de la santé publique; [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Respiratorisches-Synzytial-Virus (RSV)
- Office fédéral de la santé publique. Krankenversicherung: Massnahmen der medizinischen Prävention [Internet]. Berne: Office fédéral de la santé publique; [consulté le 7 juillet 2026]. Disponible sur: Krankenversicherung: Massnahmen der medizinischen Prävention
Office fédéral de la santé publique OFSP
Schwarzenburgstrasse 157
Suisse - 3003 Berne