La resistenza agli antibiotici è un fenomeno naturale che esiste da milioni di anni. Gli stessi batteri, così come i funghi, fabbricano i loro propri antibiotici per potersi difendere o per attaccare altre forme di vita. Infatti, i primi antibiotici utilizzati in medicina sono stati estratti da funghi. A partire dalla metà degli anni Quaranta l’uomo ha cominciato ad utilizzare grandi quantità di antibiotici in medicina umana e veterinaria, amplificando notevolmente questo fenomeno naturale: ad ogni utilizzo di antibiotici solo i batteri resistenti sopravvivono diventando dominanti, essendo gli unici in grado di continuare a crescere.
I batteri si moltiplicano molto velocemente, in condizioni ottimali la maggior parte si riproduce anche più volte in una sola ora. Per farlo, devono trascrivere il loro materiale genetico (DNA) fabbricando una nuova copia di DNA. In questo processo, talvolta, vengono commessi degli errori di copiatura (chiamati mutazioni); alcune di queste mutazioni possono portare allo sviluppo di una resistenza agli antibiotici. Lo stesso risultato può essere ottenuto attraverso lo scambio di piccoli frammenti di DNA (plasmidi) sia tra batteri della stessa specie, sia tra batteri di specie diverse.
