Les commissions extraparlementaires peuvent se composer de membres d’organisations du monde politique, de l’économie et de la société. L’administration bénéficie ainsi de leur expertise. Environ 15 commissions conseillent l’OFSP sur les questions de santé.
La CFP est une commission d’experts extraparlementaire indépendante. Elle conseille l’administration fédérale en matière de préparation en cas de pandémie.
La CFIT conseille le Conseil fédéral et l’administration fédérale dans la lutte contre le VIH/sida et d’autres infections sexuellement transmissibles (IST).
L’organe de coordination de la loi sur les épidémies (OrC LEp) renforce la collaboration entre la Confédération et les cantons dans le domaine des maladies transmissibles.
La CFV agit en tant qu’organe consultatif auprès du Conseil fédéral, du Département fédéral de l’intérieur (DFI) et de l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) pour toutes les questions en lien avec la vaccination.
La Commission fédérale pour l'analyse génétique humaine (CFAGH) est une commission extraparlementaire investie d’un mandat consultatif dans le domaine de la génétique.
Le Conseil fédéral et lʼadministration fédérale consulte la CFANT pour les questions fondamentales liées aux addictions et à la prévention des maladies non transmissibles ainsi que pour les affaires politiques dans ces domaines.
La CPR a été fondée le 1er janvier 2001. Elle découle d'une fusion de la Commission fédérale de protection contre les radiations (CFR) et de la Commission fédérale pour la surveillance de la radioactivité (CFSR).
Les commissions d’examen ont une grande responsabilité lors de la préparation, exécution et évaluation des examens fédéraux des professions médicales universitaires.
La Commission des professions de la psychologie conseille le Conseil fédéral et le département sur la loi sur les professions de la psychologie (LPsy) et statue sur la reconnaissance des diplômes et des titres postgrades étrangers.
La CFQ est une commission d'experts extra-parlementaire indépendante. Elle soutient le Conseil fédéral dans le développement de la qualité des prestations médicales dans le cadre de la loi fédérale sur l’assurance-maladie.