La division Maladies transmissibles a pour mission de lutter contre les maladies infectieuses qui présentent une menace pour la santé publique en Suisse, en collaboration avec les cantons, les autorités sanitaires internationales et d'autres partenaires.
La division exerce la surveillance des maladies et publie des rapports réguliers sur la situation épidémiologique. Elle définit les stratégies de prévention et de contrôle, établit des directives, prépare des ordonnances et des lois, et élabore des recommandations pour les médecins et la population.
Elle prend des dispositions pour protéger la santé publique contre les agents biologiques d'origine naturelle, accidentelle ou délibérée, pour détecter précocement les risques pour la santé publique ainsi que pour minimiser les effets des flambées et des épidémies de maladies transmissibles en Suisse.