En Suisse, l'utilisation de produits OGM (à savoir d'organismes génétiquement modifiés, de produits qui contiennent ou qui sont issus de tels organismes) est réglementée par différentes dispositions légales découlant de la loi sur les denrées alimentaires et de la loi sur le génie génétique. La mise en circulation de tels produits est soumise à autorisation. Leur réception et leur transfert à des fins commerciales doivent être dûment documentés. En outre, la mention « génétiquement modifié » doit figurer sur l'étiquette de ces produits afin que les consommateurs puissent faire leur choix en connaissance de cause. La législation suisse exige également que des mesures soient prises lors de l'utilisation de produits OGM afin d'éviter les mélanges fortuits avec des produits non génétiquement modifiés. Elle soumet le commerce transfrontière de cette marchandise à des conditions spéciales.

L'Office fédéral de la santé publique (OFSP) examine, en collaboration avec d'autres offices fédéraux, les demandes d'autorisation concernant les produits OGM dans le domaine alimentaire. Il ne délivre d’autorisation que si tout risque pour la santé et l’environnement peut être exclu selon l’état actuel des connaissances scientifiques. L’autorisation est limitée à dix ans et le produit est soumis à surveillance. A noter que l'autorisation peut être retirée lorsqu'il existe des raisons fondées de soupçonner que le produit OGM concerné présente un danger pour la santé ou l'environnement.

En Suisse, l’utilisation de produits OGM dans les denrées alimentaires est soumise à une obligation d’étiquetage très stricte. Celle-ci permet de protéger les consommateurs contre la tromperie et de leur laisser le libre choix entre les aliments conventionnels et les aliments génétiquement modifiés. En principe, tous les produits - aliments, additifs et auxiliaires technologiques – issus d’OGM doivent être étiquetés comme tels.

Toute personne utilisant des OGM est tenue de prendre les mesures nécessaires à la séparation des flux des produits afin d’éviter les mélanges fortuits avec des organismes génétiquement non modifiés. Pour ce faire, elle doit se doter d'un système d'assurance qualité basé sur la méthode HACCP (Hazard Analysis and Critical Control Point – analyse des risques et contrôle des points critiques), communément utilisée pour garantir l’hygiène lors du traitement de denrées alimentaires. Des analyses ont montré que la Suisse est en mesure d'importer la quantité nécessaire de maïs et de soja non génétiquement modifiés et que le pourcentage tolérable de 0,9 % d'OGM dans ces denrées est respecté.

Les produits OGM ne sont autorisés dans le domaine des denrées alimentaires qu’après avoir subi un examen rigoureux. L’Office fédéral de la santé publique (OFSP) a reçu le mandat légal d'examiner au cours de la procédure d’autorisation si la protection des consommateurs est garantie. L’autorisation d'un produit OGM n'est accordée que si l'on peut, en l’état des connaissances scientifiques, exclure tout danger pour la santé humaine et l’environnement. Après octroi de l’autorisation, le titulaire est tenu de démontrer à l’OFSP à intervalles réguliers, que les propriétés de l’aliment en question n’ont pas changé. En cas de raisons fondées, l’OFSP peut révoquer à tout moment l’autorisation du produit.

L’art. 23 de l’ordonnance sur les denrées alimentaires et les objets usuels (ODAIOUs ; RS 817.02) et l’art. 6a de l’ordonnance du DFI sur les denrées alimentaires génétiquement modifiées (ODAIGM ; RS 817.022.51) règlent les conditions dans lesquelles des traces d’organismes génétiquement modifiés (OGM) non autorisés, présentes de façon involontaire dans les denrées alimentaires, peuvent être tolérées.