Die Akkreditierung gemäss Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die universitären Medizinalberufe (Medizinalberufegesetz, MedBG) ist ein mehrstufiges und transparentes Verfahren, das anhand von definierten Qualitätsstandards überprüft, ob die Studiengänge bestimmte qualitative Anforderungen erfüllen. Gleichzeitig muss die Akkreditierung auch die Kriterien des UFG (Universitätsförderungsgesetz) erfüllen. Die Akkreditierungsinstanz in diesem Fall ist die SUK (Schweizerische Universitätskonferenz). Das OAQ ist als durchführende Akkreditierungsagentur für beide Instanzen tätig und führt die Qualitätsüberprüfung durch - zusammengefasst in einem Verfahren.

Internationalen Vorschriften und Praktiken entsprechend verläuft das Verfahren wie folgt:

1. Die gesuchstellende Fakultät reicht in einer ersten Phase des Akkreditierungsprozesses ein vom Dekanat und vom Rektorat unterschriebenes Gesuch an die Schweizerische Universitätskonferenz (SUK) (für Akkreditierung gemäss UFG) und den Schweizerischen Akkreditierungsrat (für Akkreditierung gemäss MedBG) ein. Im Auftrag dieser beiden Institutionen eröffnet das OAQ danach formell das Akkreditierungsverfahren. 
2. Die verantwortliche Einheit (z.B. medizinische Fakultät) führt anhand der Qualitätsstandards eine Selbstbeurteilung (Selbstevaluation) des Studiengangs durch (Art. 26 MedBG).
3. Aufgrund des Selbstbeurteilungsberichts und Vor-Ort-Visiten nimmt eine Gruppe unabhängiger Expertinnen und Experten eine Externe Begutachtung (Fremdevaluation) des Studiengangs vor (Art. 27 MedBG).
4. Die SUK und der Schweizerische Akkreditierungsrat fällen für jeden Studiengang je einen Akkreditierungsentscheid (Art. 28 MedBG).

Das Akkreditierungsverfahren ist im MedBG in den Artikeln 26 ff. beschrieben (vgl. Ablaufschema unter Downloads). Für die Selbstbeurteilung bestehen zusätzlich Anleitungen in Form von Leitfäden (aktuell für Human, Zahn-, Veterinärmedizin und Chiropraktik verfügbar. Pharmazie folg bis spätestens Mai 2010). Darin ist auch eine Checkliste für den Ablauf der Selbstbeurteilung enthalten.

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