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Die KSR wurde am 1. Januar 2001 ins Leben gerufen. Sie enstand aus einer Fusion der Eidg. Kommission für Strahlenschutz (EKS) und der Eidg. Kommission für Überwachung der Radioaktivität (KueR). Ihr Präsident ist Herr Dr. André Herrmann vom Gesundheitsdepartement Basel-Stadt.
Der Auftrag der KSR ist in Art. 9 Abs. 5 der StSV festgelegt. Anlässlich der Fusion wurde das Verfassen von Zweitmeinungen, die unabhängig von denjenigen der Bundesverwaltung sind, zum allgemeinen Auftrag der KSR erklärt. Der Koordinationsfunktion kommt seither eine eher untergeordnete Rolle zu.
Aus diesem Grund können Mitarbeitende von Bundesverwaltungsstellen, die sich mit Strahlenschutz befassen, nicht Mitglieder der Kommission werden. Diese Stellen, das heisst das BAG, die HSK, die Suva und die NAZ, können jedoch für die Kommissionssitzungen eine Vertreterin bzw. einen Vertreter mit beratender Stimme delegieren. Ausserdem wurde beschlossen, dass die Kommissionsmitglieder als Expertinnen / Experten ad personam gewählt werden und nicht als VertreterInnen von Interessengruppen.
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