La CFV est une commission composée d'experts indépendants qui jouent un rôle important de médiateur entre les autorités, les milieux spécialisés et la population en ce qui concerne les questions de vaccination. Elle a pour mandat de conseiller scientifiquement les autorités lors de l'élaboration de recommandations en la matière.

Depuis 1963 déjà, l'Office Fédéral de la santé publique (OFSP) publie des recommandations en matière de vaccination, régulièrement actualisées. Vu l'importance toujours croissante de ce sujet, le Conseiller fédéral Pascal Couchepin a créé en 2004 une commission fédérale pour les vaccinations (CFV) indépendante.

En effet, le succès des vaccinations a fait diminuer la peur de certaines maladies et augmenter la crainte des effets secondaires des vaccins malgré des produits toujours meilleurs. Le laisser-aller, voire le refus des vaccins, qui en découle peut avoir des répercussions graves comme le montrent les épidémies de rougeole enregistrées récemment dans divers cantons suisses et dans les pays voisins. C'est pourquoi, il est indispensable que les autorités sanitaires qui adaptent sans cesse leurs recommandations aux derniers développements de la science communiquent de manière transparente comment ces recommandations sont élaborées.