Als Vizedirektor und Mitglied der Geschäftsleitung zeichnete Peter Indra verantwortlich für die Begleitung der Gesetzesrevisionen von Krankenversicherungsgesetz KVG, Unfallversicherungsgesetz UVG und Militärversicherungsgesetz MVG in den parlamentarischen Debatten. Von September 2006 bis Ende März 2010 führte er anspruchsvolle Dossiers im Gesundheitswesen wie die Revision der Analysenliste, die Erarbeitung der Qualitätsstrategie des Bundes, die Erarbeitung und Umsetzung der e-Health-Strategie des Bundes sowie die Einführung der elektronischen Versichertenkarte im Krankenversicherungsbereich.

Zu seinen Verantwortungen gehörten auch die Leitung und das Präsidium von drei ausser­parla­men­tarischen Kommissionen des Eidgenössischen Departements des Inneren, nämlich der ELGK (Eidgenössische Leistungs- und Grundsatzkommission), der EAK (Eidgenössische Arzneimittel­kommission) und der EAMGK (Eidgenössischen Kommission für Analysen, Mittel und Gegenstände) mit ihren beiden Ausschüssen AL (Analysenliste) und MiGel (Mittel und Gegenstände). Zudem führte Herr Indra seitens des Bundes fachlich und administrativ das Koordinationsorgan e-Health von Bund und Kantonen.

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